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山羊多产性候选基因INHBA和INHBB基因的SNPs研究

作　者: 彭志兰
导　师: 陈宏权；储明星
学　校: 安徽农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 山羊 INHBA基因 INHBB基因 多产性 SNPs
分类号: S827
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
下　载: 68次
引　用: 2次
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内容摘要


本研究以高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)和低繁殖力山羊品种(安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)为对象,研究INHBA基因和INHBB基因的单链核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)及其与山羊繁殖力之间的关联性。根据GenBank中发表的牛INHBA基因的外显子1、外显子2和INHBB基因的外显子2序列分别设计4对和2对引物。采用PCR-SSCP技术分别检测济宁青山羊、内蒙古绒山羊和安哥拉山羊在这两个基因座中的SNPs。分析整个山羊群体在多态性基因座上的遗传结构及其与山羊多产性之间的关联。结果表明:1.在6对引物中,有2对引物检测出SNPs;结果显示,INHBA基因(基因座A)外显子2和INHBB基因(基因座B)外显子2分别存在1个SNP位点。2.在基因座A上,其突变位点位于外显子2第583 bp处,检测到一对等位基因A和B。在济宁青山羊和安哥拉山羊中检测到了AA、AB和BB 3种基因型,在内蒙古绒山羊中检测到AB和BB两种基因型。测序分析表明BB型与AA型相比在外显子2的第583 bp处有一个T→C突变,并引起氨基酸改变(脯氨酸→亮氨酸)。济宁青山羊AA、AB和BB基因型频率分别为0.4786、0.4143和0.1071。通过最小二乘均数比较发现,济宁青山羊AA型的产羔数比AB型多0.42只(P＜0.05),比BB型多1.14只(P＜0.01),AB型比BB型多0.72只(P＜0.05)3.在基因座B上,其突变位点位于外显子2第583 bp处,检测到一对等位基因C和D。在济宁青山羊中检测到CC、CD和DD 3种基因型,在内蒙古绒山羊和安哥拉羊中只检测到CD和DD两种基因型。克隆测序发现DD型与CC型相比在外显子2的第840 bp处有A→G突变,并引起氨基酸改变(组氨酸→精氨酸)。济宁青山羊CC、CD和DD基因型频率分别为0.0685、0.500和0.4315。通过最小二乘均数比较发现,济宁青山羊CC型产羔数比CD型多0.73只(P＜0.05),比DD型多0.84只(P＜0.05),CD型比DD型多0.11只(P＞0.05)。4.在2突变位点上,各山羊品种内和品种间存在遗传多态性。济宁青山羊在这2个位点上与其它山羊品种存在较大的遗传差异。可以认为这种遗传变异与山羊的多产性密切相关。可见,INHBA基因和INHBB基因可能是控制山羊高繁殖力性状的主效基因,或与之存在一定程度的连锁。INHBA基因外显子2和INHBB基因外显子2的突变位点可以作为山羊多产性标记辅助选择的候选标记。

全文目录


摘要  5-6
Abstract  6-12
文献综述  12-26
1 引言  26-28
2 材料与方法  28-40
  2.1 试验材料  28-31
    2.1.1 试验山羊来源及采样方法  28
    2.1.2 主要试剂  28
    2.1.3 菌株和载体  28
    2.1.4 主要仪器设备  28
    2.1.5 软件工具  28-29
    2.1.6 溶液试剂配制  29-31
  2.2 试验方法  31-33
    2.2.1 羊血液DNA的提取  31
    2.2.2 DNA浓度和纯度的检测  31
    2.2.3 引物设计  31-32
    2.2.4 PCR扩增  32-33
    2.2.5 琼脂糖凝胶电泳检测  33
  2.3 SSCP分析  33-34
    2.3.1 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳  33-34
    2.3.2 硝酸银染色  34
    2.3.3 基因型的判定  34
  2.4 克隆和测序  34-37
    2.4.1 PCR产物的纯化  35
    2.4.2 感受态细胞的制备—氯化钙法  35
    2.4.3 连接反应  35-36
    2.4.4 转化  36
    2.4.5 质粒DNA的小量提取—试剂盒法  36
    2.4.6 重组质粒的鉴定  36-37
  2.5 分析方法  37-40
    2.5.1 等位基因频率和基因型频率  37-38
    2.5.2 F-统计量  38-39
    2.5.3 基因流(Nm)  39
    2.5.4 Shannon信息指数  39
    2.5.5 山羊INHBA和INHBB基因与济宁青山羊产羔数的关联研究  39-40
3 结果与分析  40-50
  3.1 INHBA基因和INHBB基因的PCR扩增  40
  3.2 SSCP分析  40-42
    3.2.1 INHBA基因的SSCP分析  40-41
    3.2.2 INHBB基因的SSCP分析  41-42
  3.3 SNP分析  42-43
  3.4 基因频率和基因型频率  43-45
  3.5 群体遗传特性分析  45-48
    3.5.1 群体在两基因座上的杂合度  45-46
    3.5.2 群体在两基因座上的遗传多态性  46
    3.5.3 群体遗传分化  46-47
    3.5.4 群体在两基因座上的Nei氏遗传相似性和遗传距离  47-48
  3.6 INHBA和INHBB基因与济宁青山羊产羔数的关联分析  48-50
    3.6.1 INHBA基因不同基因型的济宁青山羊产羔数的最小二乘均值  48-49
    3.6.2 INHBB基因不同基因型的济宁青山羊产羔数的最小二乘均值  49-50
4 讨论  50-56
  4.1 实验材料的选择  50
  4.2 影响PCR扩增反应的因素  50-51
    4.2.1 模板质量  50
    4.2.2 引物设计  50-51
    4.2.3 PCR反应的温度  51
  4.3 PCR-SSCP方法检测的影响因素  51-52
  4.4 群体遗传结构  52-53
    4.4.1 群体遗传平衡  52
    4.4.2 遗传多态性  52-53
    4.4.3 群体遗传分化  53
  4.5 INHBA基因和INHBB基因的多态性  53-54
  4.6 INHBA基因和INHBB基因与繁殖力的关系  54-56
5 结论  56-57
参考文献  57-67
致谢  67-68
附录A  68-69
附录B  69-71
作者简介  71

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 山羊
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