学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

生物相关性的计算及其在候选化合物库设计中的应用

作　者: 吕巍
导　师: 张红雨
学　校: 山东理工大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 生物相关性类药性类先导性
分类号: Q811.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
下　载: 105次
引　用: 1次
阅　读: 论文下载

内容摘要

本论文重点讨论生物相关性的表征和生物相关性在候选化合物库设计中的应用。所有具有与蛋白质结合潜能,并具有较低毒性的分子被定义为生物相关性分子。生物相关性的分子不只包括天然产物,还包括有机体所产生的小分子配基。论文利用化学信息学,计算机辅助药物设计以及各种相关的应用软件和编程语言,并用Bayesian模型和分子相似性理论作了以下两部分的工作。一、根据KEGG数据库中的配基化合物构建生物相关性代表化合物数据库( BRCD )。利用MolPrint 2D进行分子相似性计算,TCMD、CMC、ACD-3D、MDDR数据库中每个分子分别与BRCD中每个分子进行相似性比较,得到2000×2000的相似性矩阵,并计算数据库中每个分子以及整个数据库的生物相关性。以BRCD作为生物相关性代表数据库,以ACD-3D作为非生物相关性代表数据库。利用Bayesian模型预测其它三种数据库的生物相关性。本过程应用了MolPrint 2D应用软件中的Bayesian计算模块。二、通过以上计算我们发现TCMD、CMC、ACD-3D、MDDR四种数据库的生物相关性依次降低。为了进一步证明这一结果的必然性,我们将CMC和MDDR中分子按不同活性分类,得到十五类化合物,根据分子相似性的计算方法,计算每类化合物的生物相关性。比较CMC与MDDR中各类分子的生物相关性,以证明CMC各类化合物的生物相关性总是要好于MDDR。最终得出以下结论:TCMD、CMC、ACD-3D和MDDR的生物相关性依次降低。生物相关性在候选化合物库设计中可被有效的应用。

全文目录

摘要  3-4
ABSTRACT  4-8
第一章论文的引出与研究计划  8-14
  1.1 现阶段药物研究概况  8-12
    1.1.1 药物研发过程  8-9
    1.1.2 目前药物设计开发中的艰难境地  9
    1.1.3 解决方法及国际进展  9-11
    1.1.4 生物相关性的提出  11-12
  1.2 论文研究计划  12-14
第二章理论基础  14-26
  2.1 计算机辅助药物设计的概念  14
  2.2 计算机辅助药物设计的意义  14-17
  2.3 计算机辅助药物设计的研究方法  17-20
    2.3.1 药物作用的基本理论  17-18
    2.3.2 计算机辅助药物设计的方法分类  18-19
    2.3.3 直接药物设计  19
    2.3.4 间接药物设计  19-20
  2.4 计算机基础  20-23
    2.4.1 UNIX/LINUX 简介  20-21
    2.4.2 编程语言简介  21-22
    2.4.3 应用软件简介  22-23
  2.5 分子相似性理论  23-26
    2.5.1 分子相似性定义  23
    2.5.2 分子相似性计算方法及步骤  23-25
    2.5.3 分子相似性计算的本地实现  25-26
第三章生物相关性理论的提出及定量计算  26-36
  3.1 背景  26-27
  3.2 生物相关性代表数据库的确定  27-28
  3.3 TCMD、CMC、ACD-3D、MDDR 数据库的准备  28-29
    3.3.1 TCMD  28
    3.3.2 CMC  28
    3.3.3 ACD-3D  28-29
    3.3.4 MDDR  29
    3.3.5 对数据库的处理  29
  3.4 BRCD、TCMD、CMC、ACD-3D、MDDR 数据库的分子性质计算  29-30
  3.5 TCMD、CMC、ACD-3D、MDDR 数据库的生物相关性计算  30-31
    3.5.1 Bayesian 模型计算方法  30
    3.5.2 分子相似性计算方法  30-31
  3.6 结果分析  31-35
    3.6.1 BRCD、TCMD、CMC、ACD-3D、MDDR 数据库的分子性质计算  31-33
    3.6.2 Bayesian 模型  33
    3.6.3 分子相似性计算方法  33-35
  3.7 论讨  35-36
    3.7.1 生物相关性与类药性的区别  35
    3.7.2 生物相关性指标的合理性  35
    3.7.3 生物相关性对药物研究中的应用  35-36
第四章生物相关性在候选化合物库设计中的应用  36-42
  4.1 概述  36
  4.2 数据准备  36
  4.3 类药性计算  36-37
  4.4 生物相关性计算  37
  4.5 结果分析  37-40
    4.5.1 CMC 和MDDR 中各活性分子生物相关性比较  37-38
    4.5.2 生物相关性对药物筛选成功率的影响  38-40
  4.6 讨论  40-42
第五章论文总结  42-44
参考文献  44-48
附录 1 图表索引  48-50
附录 2 攻读硕士期间已发表或准备发表的论文目录  50-52
致谢  52

生物相关性的计算及其在候选化合物库设计中的应用

内容摘要

全文目录

相似论文