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中国少数民族基因组DNA样本库的建立和CYP2D6在维吾尔族人群的多态性分布

作　者: 朱志慧
导　师: 徐斯凡；李树春
学　校: 中央民族大学
专　业: 民族医学
关键词: 基因组DNA CYP2D6 PCR 遗传多态性
分类号: R394
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

[目的与意义]随着中国社会政治和经济的发展,各民族融合日益加剧,纯系少数民族遗传资源日渐珍贵。特别是少数民族遗传资源外流初露端倪,亟需加大少数民族遗传资源的保护工作。故此,我们建立包含中国56个民族遗传信息的大样本的基因组DNA样本库,以充分保存和保护现有的遗传资源。这些遗传资源可以为人类提供种族的起源,进化及迁徙等信息,同时对于开展基于遗传因素的药效学和药物代谢动力学,甚至一些遗传疾病发生机制的研究有极重要的意义。近年来,遗传药理学的研究成为了医学领域研究的热点,尤其是遗传因素与药物不良反应的发生之间的研究,世界各国都给予了不同程度的关注和重视。药物代谢酶的多态性的存在,是导致药物药效和不良反应个体差异的主要原因。我国各少数民族人群均有自己独特的遗传特质,势必会导致同一药物在不同民族人群产生不同的疗效,甚至发生不良反应。因此,了解各民族药物代谢水平的差异是优化治疗剂量,减少药物不良反应以及推广少数民族传统药物的关键因素之一。有分析显示,由P450的多态性造成的不良反应占药物不良反应总数的86%。细胞色素P4502D6 (CYP2D6)是一种重要的最具多态性的药物代谢酶之一,代谢了临床上约20-30%的药物,由CYP2D6的多态性导致的药物不良反应和药物代谢差异已有较多的报道。本研究旨在建立中国少数民族基因组DNA样本库,保护现有少数民族遗传资源基础上,利用维吾尔族基因组DNA样本库,通过现代分子生物学技术,对药物代谢酶基因CYP2D6在维吾尔族人群中的多态性分布规律进行了检测,为今后对该基因在维吾尔族中的代谢活性差异研究提供强有力的科学依据。[研究方法]在中央民族大学新入学学生中,通过调查问卷,询问三代内民族情况的方法,筛选三代以内无外族通婚史的少数民族健康成年人,在知情同意的原则下,按照临床采血标准进行采血,通过非离心柱法提取全血基因组DNA。按照人类遗传资源标准编码统一编号,并通过琼脂糖凝胶电泳及紫外分光光度计测定,剔除断裂及降解的DNA,剔除纯度较低样本,超低温保存,建立了中国少数民族基因组DNA样本库。在此基础上,通过分段克隆的方法,克隆CYP2D6全基因及其9个外显子序列。通过直接测序法对各样本进行了序列测定,利用DNAMAN, Primer5.0等生物学软件,对测序结果进行了生物信息学分析。检测了CYP2D6编码序列在维吾尔族人群中的SNP及单倍体型分布频率。[研究结果]1.中国少数民族DNA样本库的建立已经建成的DNA样本库目前包括朝鲜族、蒙古族、傣族、哈萨克族、维族、苗族、回族、藏族、土家族、彝族、侗族、羌族、壮族、瑶族、德昂族、纳西族、锡伯族、白族、柯尔克孜满族、哈尼族、布依族、仡佬族、畲族、黎族、水族、阿昌族、汉族、乌孜别克族、裕固族等30多个民族的765个基因组DNA样本。2.CYP2D6在中国维吾尔族人群中的多态性分布我们在中国维吾尔族人群中筛查到13个未报导的等位基因型和2个已报导的等位基因型。13个未报导的等位基因的在中国维吾尔族人群中的分布频率介于5%到10%之间。已报导的等位基因分别是CYP2D6*2和CYP2D610D,它们的分布频率分别为10%和15%。[结论]1.初步建成中国少数民族基因组DNA样本库。2.CYP2D6基因在中国维吾尔族人群的多态性分布频率与该基因在汉族及已报导的其他民族中的分布特点存在显著差异。

全文目录

中文摘要  2-5
ABSTRACT  5-12
第一章药物代谢酶基因CYP2D6的国内外研究进展  12-22
  一、CYP2D6基因多态性及其发生机制  12-16
  二、CYP2D6基因型与代谢表型的关系  16-17
  三、基因多态性对药物代谢的影响  17-19
  四、CYP2D6基因多态性与疾病的易感性  19-20
  五、结语与展望  20-22
第二章基因组DNA样本库的建立  22-32
  第一节血液的采集  22-24
    一、研究对象的选择  22
    二、实验试剂及仪器  22-23
    三、实验方法  23-24
    四、实验结果  24
  第二节基因组DNA样本库的建立  24-30
    一、实验仪器及试剂  24-25
    二、实验方法  25-26
      1. 基因组DNA的提取  25-26
      2. DNA浓度及纯度的测定  26
    三、实验结果  26-30
  第三节讨论  30-32
第三章药物代谢酶基因CYP2D6在维吾尔人群中的遗传多态性研究  32-73
  第一节生物信息学分析  33-40
    一、实验材料与方法  33
    二、分析结果  33-40
  第二节 CYP2D6基因及各外显子序列的扩增  40-53
    一、实验材料  40-43
    二、实验方法  43-49
    三、实验结果  49-53
  第三节 CYP2D6基因突变位点筛查  53-60
    一、各外显子的突变序列与野生型序列比对结果  53
    二、各外显子突变位点的chromatogram图谱  53
    三、基因突变对氨基酸序列的影响  53-60
  第四节小结  60-65
  第五节讨论  65-73
参考文献  73-79
附录  79-102
  附录1. 少数民族遗传信息调查表  79-80
  附录2. 知情同意书样版  80-83
  附录3. 中国少数民族血样DNA收集整理保存技术规程  83-87
  附录4. 测序图谱及与野生型序列比对结果  87-102
硕士期间发表的学术论文目录  102-103
致谢  103-104

中国少数民族基因组DNA样本库的建立和CYP2D6在维吾尔族人群的多态性分布

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