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人工合成甘蓝型黄籽油菜粒色基因的精细定位
作 者: 李霞
导 师: 涂金星
学 校: 华中农业大学
专 业: 作物遗传育种
关键词: 人工合成甘蓝型黄籽油菜 种皮色泽基因 AFLP SSR ACGM 分子标记
分类号: S565.4
类 型: 硕士论文
年 份: 2009年
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内容摘要
在相同遗传背景下,黄籽油菜与黑籽相比:油份和蛋白质含量高,种皮薄,油质清澈透明,饼粕纤维素含量低。因此,基于黄籽性状的诸多优点,对甘蓝型油菜黄籽性状的研究正成为现代油菜品质育种的热点。本研究以人工合成甘蓝型黄籽油菜为研究对象,以两个近等基因系为材料,充分利用拟南芥和白菜基因组序列已知信息,对人工合成甘蓝型黄籽油菜种皮色泽相关基因进行精细定位。主要研究结果如下:1)利用集团分析法(BSA)与AFLP技术相结合筛选与种皮色泽相关基因连锁的分子标记,人工合成甘蓝型黄籽油菜近等基因系群体中共获得20个差异片段,其中EA15MG9与目标基因距离1.2cM。白菜型油菜群体共获得52个差异片段。2)对其中8个AFLP标记进行回收、克隆、测序,根据测序结果,对其中5个差异片段设计特异引物,进行SCAR标记转化,结果表明:成功转化其中两个,分别命名为S159和S615,其中S159来自甘蓝型油菜群体AFLP标记EA15MG9,S615来自白菜型油菜群体AFLP标记EA6MG15。3)将上述AFLP标记序列提交http://www.brassica-rapa.org/进行BLAST分析,依据比对结果设计SSR引物,在两个群体中共获得42个差异标记,并把目标基因都定位在A基因组第九连锁群。4)根据第九连锁群对已发表的分子标记遗传连锁图谱进行搜集,整理,筛选了35对引物,获得10对差异标记。5)依据拟南芥信息设计ACGM引物25对,在甘蓝型油菜群体内未表现出差异,在白菜型油菜群体内有5对引物表现出差异。同时利用拟南芥TT基因设计ACGM标记,在白菜群体中也获得了两个差异标记,其中一个群体验证为共分离标记。
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全文目录
缩略语表 6-7 摘要 7-8 Abstract 8-10 1 文献综述 10-24 1.1 甘蓝型黄籽油菜研究进展 10-15 1.1.1 甘蓝型黄籽油菜的发现 10-11 1.1.2 甘蓝型黄籽油菜的性状表现 11-12 1.1.3 甘蓝型黄籽油菜的遗传模式分析 12-14 1.1.4 黄籽油菜的种皮色泽基因的定位研究 14-15 1.2 DNA分子标记在基因定位中的利用 15-19 1.2.1 分子标记的种类 15-16 1.2.2 油菜分子标记开发的新策略 16-19 1.2.2.1 高密度遗传连锁图谱的构建与应用 16-18 1.2.2.2 拟南芥与白菜序列信息的利用 18-19 1.3 比较基因组学与黄籽油菜基因的定位克隆 19-23 1.3.1 芸薹属作物比较基因组学研究 19-22 1.3.2 比较基因组学在油菜黄籽基因定位与克隆中的应用 22-23 1.4 本研究的目的与意义 23-24 2 材料与方法 24-31 2.1 与种皮色泽基因紧密连锁的分子标记的开发 24-30 2.1.1 实验材料 24 2.1.2 DNA提取及种皮色泽考查 24-25 2.1.3 AFLP与BSA分析 25-28 2.1.3.1 样品池的构建 25 2.1.3.2 总DNA的酶切与连接 25-26 2.1.3.3 预扩增 26 2.1.3.4 选择性扩增 26-27 2.1.3.5 选择性产物的PAGE胶电泳检测 27-28 2.1.4 AFLP标记的克隆与SCAR标记的转化 28-30 2.1.4.1 差异片段的回收及再扩增 28-29 2.1.4.2 连接反应 29 2.1.4.3 大肠杆菌感受态细胞的制备及连接子的转化 29 2.1.4.4 重组子筛选、鉴定 29-30 2.1.4.5 克隆片段的测序及序列相似性分析 30 2.1.4.6 SCAR引物设计与扩增 30 2.2 已知遗传连锁图谱有价值标记的获得 30-31 2.3 利用白菜序列信息设计并筛选SSR引物 31 2.4 ACGM引物的设计与筛选 31 3 结果与分析 31-41 3.1 种皮色泽调查结果 31-33 3.2 AFLP引物的筛选 33-36 3.2.1 与种皮色泽连锁的AFLP标记 33-35 3.2.2 差异片段的回收、克隆与测序 35-36 3.2.3 SCAR标记设计与检测 36 3.3 已发表遗传连锁图谱中标记的获得 36-37 3.4 SSR引物设计及筛选 37-38 3.5 ACGM引物设计与筛选 38-39 3.6 SSR标记的群体分析与遗传连锁图构建 39-41 4 讨论 41-45 4.1 种皮色泽的考察 41 4.2 SSR引物的设计与筛选 41-43 4.3 ACGM引物的开发与筛选 43 4.4 人工合成甘蓝型黄籽油菜基因定位中存在的问题 43-45 参考文献 45-56 致谢 56
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中图分类: > 农业科学 > 农作物 > 经济作物 > 油料作物 > 油菜籽(芸薹)
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