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人工合成甘蓝型黄籽油菜粒色基因的精细定位

作 者: 李霞
导 师: 涂金星
学 校: 华中农业大学
专 业: 作物遗传育种
关键词: 人工合成甘蓝型黄籽油菜 种皮色泽基因 AFLP SSR ACGM 分子标记
分类号: S565.4
类 型: 硕士论文
年 份: 2009年
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内容摘要


在相同遗传背景下,黄籽油菜与黑籽相比:油份和蛋白质含量高,种皮薄,油质清澈透明,饼粕纤维素含量低。因此,基于黄籽性状的诸多优点,对甘蓝型油菜黄籽性状的研究正成为现代油菜品质育种的热点。本研究以人工合成甘蓝型黄籽油菜为研究对象,以两个近等基因系为材料,充分利用拟南芥和白菜基因组序列已知信息,对人工合成甘蓝型黄籽油菜种皮色泽相关基因进行精细定位。主要研究结果如下:1)利用集团分析法(BSA)与AFLP技术相结合筛选与种皮色泽相关基因连锁的分子标记,人工合成甘蓝型黄籽油菜近等基因系群体中共获得20个差异片段,其中EA15MG9与目标基因距离1.2cM。白菜型油菜群体共获得52个差异片段。2)对其中8个AFLP标记进行回收、克隆、测序,根据测序结果,对其中5个差异片段设计特异引物,进行SCAR标记转化,结果表明:成功转化其中两个,分别命名为S159和S615,其中S159来自甘蓝型油菜群体AFLP标记EA15MG9,S615来自白菜型油菜群体AFLP标记EA6MG15。3)将上述AFLP标记序列提交http://www.brassica-rapa.org/进行BLAST分析,依据比对结果设计SSR引物,在两个群体中共获得42个差异标记,并把目标基因都定位在A基因组第九连锁群。4)根据第九连锁群对已发表的分子标记遗传连锁图谱进行搜集,整理,筛选了35对引物,获得10对差异标记。5)依据拟南芥信息设计ACGM引物25对,在甘蓝型油菜群体内未表现出差异,在白菜型油菜群体内有5对引物表现出差异。同时利用拟南芥TT基因设计ACGM标记,在白菜群体中也获得了两个差异标记,其中一个群体验证为共分离标记。

全文目录


缩略语表  6-7
摘要  7-8
Abstract  8-10
1 文献综述  10-24
  1.1 甘蓝型黄籽油菜研究进展  10-15
    1.1.1 甘蓝型黄籽油菜的发现  10-11
    1.1.2 甘蓝型黄籽油菜的性状表现  11-12
    1.1.3 甘蓝型黄籽油菜的遗传模式分析  12-14
    1.1.4 黄籽油菜的种皮色泽基因的定位研究  14-15
  1.2 DNA分子标记在基因定位中的利用  15-19
    1.2.1 分子标记的种类  15-16
    1.2.2 油菜分子标记开发的新策略  16-19
      1.2.2.1 高密度遗传连锁图谱的构建与应用  16-18
      1.2.2.2 拟南芥与白菜序列信息的利用  18-19
  1.3 比较基因组学与黄籽油菜基因的定位克隆  19-23
    1.3.1 芸薹属作物比较基因组学研究  19-22
    1.3.2 比较基因组学在油菜黄籽基因定位与克隆中的应用  22-23
  1.4 本研究的目的与意义  23-24
2 材料与方法  24-31
  2.1 与种皮色泽基因紧密连锁的分子标记的开发  24-30
    2.1.1 实验材料  24
    2.1.2 DNA提取及种皮色泽考查  24-25
    2.1.3 AFLP与BSA分析  25-28
      2.1.3.1 样品池的构建  25
      2.1.3.2 总DNA的酶切与连接  25-26
      2.1.3.3 预扩增  26
      2.1.3.4 选择性扩增  26-27
      2.1.3.5 选择性产物的PAGE胶电泳检测  27-28
    2.1.4 AFLP标记的克隆与SCAR标记的转化  28-30
      2.1.4.1 差异片段的回收及再扩增  28-29
      2.1.4.2 连接反应  29
      2.1.4.3 大肠杆菌感受态细胞的制备及连接子的转化  29
      2.1.4.4 重组子筛选、鉴定  29-30
      2.1.4.5 克隆片段的测序及序列相似性分析  30
      2.1.4.6 SCAR引物设计与扩增  30
  2.2 已知遗传连锁图谱有价值标记的获得  30-31
  2.3 利用白菜序列信息设计并筛选SSR引物  31
  2.4 ACGM引物的设计与筛选  31
3 结果与分析  31-41
  3.1 种皮色泽调查结果  31-33
  3.2 AFLP引物的筛选  33-36
    3.2.1 与种皮色泽连锁的AFLP标记  33-35
    3.2.2 差异片段的回收、克隆与测序  35-36
    3.2.3 SCAR标记设计与检测  36
  3.3 已发表遗传连锁图谱中标记的获得  36-37
  3.4 SSR引物设计及筛选  37-38
  3.5 ACGM引物设计与筛选  38-39
  3.6 SSR标记的群体分析与遗传连锁图构建  39-41
4 讨论  41-45
  4.1 种皮色泽的考察  41
  4.2 SSR引物的设计与筛选  41-43
  4.3 ACGM引物的开发与筛选  43
  4.4 人工合成甘蓝型黄籽油菜基因定位中存在的问题  43-45
参考文献  45-56
致谢  56

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中图分类: > 农业科学 > 农作物 > 经济作物 > 油料作物 > 油菜籽(芸薹)
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